Nella navata laterale situata a sinistra si erge la sepoltura di D. Ferdinando de Robles e María Pérez Piñero (1560), conosciuta come l’Altare di Alabastro o della Quinta angustia per il materiale in cui fu realizzato e per la scena che rappresenta. L’artista che lo realizzò è Lucas Mitata. L’organizzazione architettonica è di Pedro de Ibarra e la pittura di Juan de Borgoña il giovane.

Al Chiostro si accede attraverso una semplice porta, aperta nella prima fase di costruzione della chiesa. In pianta disegna un quadro quasi perfetto. Il chiostro fu realizzato in due fasi; la prima nel sec. XIV, galleria Ovest e Sud, in stile gotico, la seconda nel sec. XVI, galleria Nord ed Est, in stile rinascimentale.

Nelle gallerie più antiche si osservano capitelli decorati con motivi vegetali e con scene di lotta del bene contro il male. Nel 1911, un restauratore chiamato José Tarabella, lavora nel chiostro e fa la restaurazione di quasi tutti i capitelli e delle colonne. Sono interessanti le piccole figure alla base delle colonne. Nell’angolo Sud-Ovest del chiostro, nell’interno delle gallerie, si trova la sepoltura di Benito Sánchez, uno degli architetti del chiostro che lavorò in questa prima fase.

Nelle altre due gallerie, del sec. XVI, l’architetto fu Pedro de Güemes. Si può vedere un autoritratto dell’artista nella facciata plateresca che da accesso al patio del chiostro.